Cuenta la tradición que en el siglo VI el noble soriano Saturio tras fallecer sus padres, repartió sus riquezas entre los pobres y marchó a vivir a unas cuevas junto al Duero. Allí en un sobrio y místico oratorio, en honor a San Miguel Arcángel, viviría durante treinta años de forma eremítica.

Cruzando el río Duero a través del Puente de piedra de origen Medieval, llegamos a su margen izquierdo a un especial enclave donde se asentó la Orden de los Hospitalarios de San Juan de Duero.

Es difícil acreditar su origen pero históricamente se habla de que a comienzos del siglo XII se erigió en este lugar una modesta iglesia románica, de la que sólo se conserva la actual torre, en honor a Santo Tomé.

La iglesia inicial pudo ser construida en los años en que Alfonso I el Barallador , que unido en matrimonio con Urraca de Castilla , comenzó la repoblación de Soria (1109-1119).